Ok, Problem gelöst... das File war zwar so groß, dass ich es sich im Illustrator nur sehr langsam öffnen und kaum bearbeiten ließ, aber ich konnte es problemlos auf dem anderen PDF platzieren. (Erscheint mir zwar unlogisch, aber es geht) Dort habe ich es eingebettet bzw. gerastert (mit 1200dpi), das ging auch und jetzt stören ja auch die unsichtbaren Pfade nicht mehr.