Ich würde das über eine sog. "Boolsche Operation" machen.
Damit kann man 3D-Körper mit anderen auf verschiedenste Weise verschneiden.
Diese Funktion findet sich im Menü bei "Planung" - "Solid-Element-Befehle".

Du könntest zB deine Öffnung (das was herausgeschnitten werden soll) als Freifläche modellieren, diese dann in der Wand platzieren wo du die Öffnung haben willst und diese dann über den Solid-Element-Befehl von der Wand abziehen.
Voila!
Am besten setzt du diese Freiflächen auf eine eigene Ebene und verteilst sie an alle Stellen und führst den Befehl dann auf einmal mit allen Freiflächen/Wänden durch.


Die Ebene mit den Öffnungs-Freiflächen kannst du dann ausblenden. Bei Bedarf kannst du die Freiflächen weiterbearbeiten und die Öffnungen ändern sich automatisch.