Ich hoffe, ich hab' das Problem auch richtig verstanden...

Im C4D-Handbuch, S. 519 steht dazu:

"Achtung! Haben Sie in Ihrer Szene ein Himmel-, Boden-, Vordergrund- oder Hintergrundobjekt, wird der komplette Alpha-Kanal maskiert. Benutzen Sie also keines der genannten Objekte, wenn Sie nur bestimmte Objekte freistellen möchten."

So ganz passt das aber glaube ich auch nicht, weil ja das Himmelobjekt ausgespart bleibt und nicht vollständig maskiert wird. Allerdings lässt sich das Problem relativ leicht lösen, wenn man nicht die Objekt-ID für die auszusparenden Objekte (also das nicht funktionierende Himmel-Objekt) vergibt, sondern für die Szenenobjekte, die übrig bleiben sollen.

Also: alle Szene-Objekte außer dem Hintergrund (insbesondere außer dem Himmelobjekt ;-)) in einem Nullobjekt gruppieren und dieser Gruppe eine Objekt-ID in einem Render-Tag geben und diesen Objekt-Kanal in einem eigenen Pass rendern. Der resultierende Alpha-Kanal ist dann genau invertiert zum Bereich deines Hintergrundes, mit der entsprechende Ebenenmaske sollte es eigentlich funktionieren. Hat bei mir zumindest geklappt.

Gruß, Matthias