Vom Ablauf her ist es eigentlich egal, ob Du in Illustrator oder Indesign layoutest.

Indesign ist halt komfortabel, weil du mehrere Seiten schnell mit Mustervorlagen layouten kannst, die platzierten Bilder keinen Speicher fressen, und die hereingeladene Dateien automatisch nach Bearbeitung aktualisiert werden können.

Bei dem klassischen Planlayout geht der Workflow oft über photoshop (z.B. zum Nachbearbeiten von Renderings) -> Illustrator (z.B. Nachbearbeiten oder Kolorieren von Grundrissen) -> Indesign, wo man dann alle Dateien absetzt und die Gesamtkomposition der einzelnen Elemente abstimmt.

Wenn Du jetzt über alle Elemente Illustrieren willst, kannst Du genauso gut in Illustrator layouten. Prinzipiell würde ich aber auch den Weg über Illustrator und Indesign bevorzugen.

Punkto Speicher und Zuverlässigkeit sind die Adobe-Produkte leider weitaus weniger stabil als man sich verspricht, prinzipiell schmieren sie alle mit verschiedenen Fehlermeldungen ab, wenn der Arbeitsspeicher voll ist.

Auch Indesign kommt spätestens beim Exportieren als PDF ans Limit, wir haben hier verschiedene Portfolios, die nicht als Gesamtes Exportiert werden können. Es kommt dann immer irgendeine Meldung, meist dass ein Jpeg fehlerhaft ist oder nicht gelesen werden kann.

Ich denke, dass das bei Dir auch der Fall ist. Versuche vielleicht, statt eine grosse mehrere kleine Dateien zu erstellen.