Wenn der Bösewicht sich einigermaßen gut versteckt, kann ihn ein Virenscanner bei laufendem Betriebssystem u.U. auch nicht finden und entfernen.
Dann hilft ein Virenscanner weiter, der von einem von CD gebooteten Betriebssystem (idR Linux) gestartet wird, sich die aktuellen Virendefinitionen über's Internet holt und dann die Festplatte überprüfen kann, ohne daß der Schädling "in Betrieb" ist.
So eine CD ist ca. einmal jährlich bei der Zeitschrift c't dabei, sowas gibt's aber auch zum download+selberbrennen - kostenlos z.B. von Avira (Avira AntiVir Rescue System):
Support Downloads
Grundsätzlich ist die Software selbsterklärend, aber ein wenig Ahnung von der Materie schadet nicht, bei "fehlerhafter Virenentfernung" hat man (je nach Virus) auch schnell mal ein nicht mehr startendes Betriebsystem auf der Festplatte - im Zweifelsfall ist der (frühzeitige) Gang zum Fachmann eigenen Experimenten vorzuziehen.
Gruß, Matthias