Danke, das hat schonmal geholfen.
Ich vermute, dass es an den Bäumen lag, die ziemlich detailliert waren (Archicad Objekt "Feldulme_Ansicht_14" und "Baum_08_Grundriss_14"). Habe die jetzt durch ein einfacheres Objekt (Baum_11_Grundriss 14") ersetzt.
Außerdem hatte ich eine selbstgezeichnete Schraffur drin, bei der hab ich jetzt den Abstand in dem das Muster wiederholt wird vergrößert.
Das pdf erstellen (In Archicad über "sichern als" und von InDesign über "drucken") hat jetzt besser geklappt und ich hab am Ende eine Datei in einer Größe die ich verschicken kann.

Trotzdem würde mich nochmal grundsätzlich interessieren wie ihr mit den beiden Programmen arbeitet. Setzt ihr in Archicad keine detaillierten Bäume ein? Oder enge Schraffuren - manchmal braucht man sowas doch, oder? Oder wie kann ich feststellen wann eine Schraffur zu eng oder detailliert oder ein Foto zu groß ist o.ä.? Verkleinert ihr Zeichnungen oder Fotos bevor ihr sie mit Indesign verknüpft? Ich hatte den großen Vorteil mit dem Platzieren der Dateien in Indesign bisher immer so verstanden bzw. benutzt, dass es eben sehr praktisch ist, dass wenn ich an der platzierten Datei was ändere sich diese eben auch in meinem Indesign-Layout aktualisiert.

Habe eine fast schlaflose Nacht hinter mir wegen dieses Problems und würde in Zukunft bzw vor der Bachelor-Abgabe gerne ruhiger schlafen, mit dem Gewissen es "richtig" zu machen

Also ich freu mich über jeden weitern hilfreichen Kommentar - ich fänds schön wenn hier viele verschiedene Hinweise und Tipps zusammenkommen, die sicherlich auch anderen helfen können!