Das Verhalten ist doch absolut normal. Eine Füllfläche in Illustrator braucht ja einen Umgrenzungspfad (standardmäßig 0pt breit). Die CAD-Umgrenzung (auch dort ist es ja normalerweise eine Füllung und eine unabhängig davon manipulierbare Umgrenzung) wird im Illustrator als Pfad mit Strichstärke dargestellt.
Wenn es dich nervt kannst du ja die beiden zu einer Gruppe zusammenfassen oder noch besser die Füllungen erst im Illustrator anlegen.