Also, wir haben alle unsere Texte im Fachgebiet damals in Word geschrieben und in InDesign gelayoutet. Du kannst Word-Dateien direkt verlinken, d.h. die Worddatei bleibt Dir erhalten, ähnlich wie ein Bild, dass Du dann in Photoshop weiter bearbeiten kannst. Das größte Problem gab es eigentlich mit Formatierungen. Am sinnvollsten ist es, die Formatierungen erst in InDesign anzulegen. Aber grundsätzlich übernimmt und erkennt InDesign die Formatierung von Word. Der Vorteil in InDesign ist, dass Du Paragraphen und Character Styles anlegen kannst, die Du dann relativ schnell auf den Text anwenden kannst. Das läuft aber nur dann fehlerfrei, wenn die zusätzlichen Formatierungen aus Word "entfernt" werden. Das dies nicht erfolgt ist, kannst Du immer daran sehen, dass dann neben dem Character Style ein "+" steht (also zusätzliche Formatierung vorhanden). Das kann man nicht mal eben in fünf Minuten erklären.
Die Übernahme von Fußnoten ist schon ein Problem, es sei denn, man hat da entsprechende Plug-Ins. Denn eigentlich stellt InDesign die Fußnoten alle ans Ende des Textes (zumindest war das mal so) und die automatische Verteilung auf der jeweiligen Seite geht verloren. Wir haben das dann immer manuell gemacht. Blöde Fleißarbeit. Was mit den Überschriften los ist, kann ich Dir nicht sagen...
Bilder solltest Du in jedem Fall erst in InDesign einfügen und Layouten. Das führt sonst zu seltsamen Verschachtelungen, die zu den beschriebenen Fehlern führen. Du fügst lieber die Bildern in InDesign ein und läßt den Text dann herumfliessen.

In jedem Fall ist InDesign ein professionelles Programm, um genau solche Dinge zu bewältigen. Aber damit umgehen muß man schon lernen. QuarkXpress war auch dafür gedacht, aber davon habe ich schon Jahre nix mehr gehört. Und ansonsten würde ich mir auch überlegen, ob Du das nicht gleich alles in Word machst.

P.S. Es gab mal Situationen, in denen Word-Dateien mit mehr als 50 Seiten unwiderruflich kaputt gegangen sind. Das habe ich schon mehrfach erlebt. Ich würde mir also 1.viele Backups ziehen und 2.überlegen, ob Du die Arbeit lieber in zwei Teile splittest.

Viel Erfolg wünscht
Samy